Si distinguono due matrici: la matrice dimensionale (o dei posizionamenti); la matrice speculativa.

PRIMO SIGNIFICATO
La matrice dimensionale identifica, all'interno dell'episteme discorsivo o della mappa-dell'essere grafica, il luogo di una determinata realtà. Nella matematica, una matrice è una rappresentazione che incrocia due (o più) coppie (o serie) di dimensioni, allo scopo di ricavare i loro incroci. Ad esempio: posti da un lato l'essere e il cosmo (dove l'essere è lo stadio ipostatico che precede il cosmo, sua materializzazione), e dall'altro la trascendenza e l'immanenza, si hanno queste quattro dimensioni:

- essere trascendente ed essere immanente;
- cosmo trascedente e cosmo immanente.

Precisazione
L'uso del linguaggio nell'ambito dell'episteme non può essere nè ambiguo, nè arbitrario, nè "dittatoriale" (secondo il Prof. Maurizio Malaguti "non è lecito cambiare il significato dei termini ereditato dalla storia della filosofia e fatto proprio dal senso comune"). L'episteme ha però esigenze di precisione, per cui, criticando il rasoio di Ockham (valido come ammonimento contro una possibile deriva "narcisitica", da escludere in ambito accademico), si ritiene che, se il sistema lo richiede "strettamente", sia lecito moltiplicare le realtà e il significato dei termini, e modificarlo (giustificando tali eccezioni).
Così, ad esempio: l'episteme, all'interno della matrice, distingue queste sequenze, fino ad oggi considerate sinonimi:

- trascendenza, soprannaturale, al-di-là, metafisica, spirito, "Cielo", (si aggiunge: in-creato), da un lato;
- immanenza, naturale, al-di-qua, fisica, materia, "Terra", creato, dall'altro (corrispondentemente).

Distinguendo alcuni di questi termini, l'episteme opera il loro incrocio matriciale (con gli stadi della realtà).
La distinzione più importante è posta tra in-creato (sinonimo di al-di-là e di "Cielo") e creato (sinonimo di al-di-qua e di "Terra"). Altra distinzione fondamentale è posta tra immanenza e creato, finora identificati nello schema tripartito della teologia cristiana. L'immanenza non è più sinonimo di creato, ma è una dimensione di Dio (del Dio "trascendente"). Infatti, l'immanenza è un auto-concetto, che suggerisce la sua esistenza prima della Creazione. Un (raro) esempio di mutazione del significato dei termini, attuato dall'episteme, è il seguente: per trascendenza l'episteme non intende l'al-di-là, ma (dato che anche il creato, a immagine dell'in-creato, è anche trascendente, in una sua zona) l'iper-infinità, e per immanenza l'infinità. Una conseguenza di tale concezione terminologica è la seguente: alcuni astrofisici hanno attribuito il carattere della trascendenza al cosmo apparente (teoria del punto-omega), generando confusione. Ora, invece, distinguendo tra in-creato e creato, è possibile distinguere la trascendenza di Dio dalla trascendenza del creato. Come si vede, questa trasformazione terminologica è risultata funzionale ad un maggior rigore speculativo. Attraverso la mappa-dell'essere è poi possibile quantificare il corretto rapporto tra in-creato e creato. Infatti, se la trascendenza "vera" (cioè quella di maggiori dimensioni) appartenesse al cosmo apparente, Dio (incluso nella trascendenza) sarebbe di fatto "immanentizzato", con la riduzione del significato della trascendenza a un solo "punto energetico" del cosmo.
   
SECONDO SIGNIFICATO
Per matrice speculativa si intende l'attribuzione di un dato sistema-di- pensiero-storico (sistema platonico, plotiniano, hegeliano, spinoziano, kantiano, ecc.) ad un dato segmento dell'episteme o della mappa o della matrice dimensionale.
Con ciò l'episteme recupera tutti i sistemi di pensiero storici, interpretabili come porzioni di episteme. Ad esempio (classificazione dei sistemi, ...):

- Platone si colloca all'inizio del processo derivativo (Uno) e alla fine (Dio-Demiurgo);
- Plotino, avendo identificato l'Uno con Dio, si colloca all'inizio del processo derivativo trinitario;
- Hegel (la cui classificazione è attualmente in fase di definizione ...) potrebbe riguardare la seconda-Persone-trinitaria ma senz'altro la terza (trattandosi dello Spirito), collocandosi nel settore "immanenza" (ma non creata);
- Spinoza si colloca nel settore cosmo (indifferentemente trascendente o immanente) del livello non creato;
- il criticismo kantiano, in quanto teoria della conoscenza, va applicato a Cristo, perchè è il Logos.

L'episteme non è la "somma" dei sistemi (sincretismo), ma ne costituisce la sintesi (ordinata e coerente). 

Nota
L'applicazione della matrice consente di risolvere le antinomie kantiane: ci sono sia il mondo infinito che il mondo finito (quest'ultimo non è meno infinito del primo, si tratta di definire il "finito" in senso greco, cioè come realtà chiusa e perfetta, essenzialmente "finite" sono le forme: ad esempio, Dio è infinito, ma la sua mano è finita, perchè una mano infinita è senza forma ...); circa l'eternità del mondo o la sua creazione, si è già detto: la prima riguarda la realtà divina, la seconda riguarda la realtà umana (Kant utilizza lo schema tripartito utilizzato dal nichilismo teologico della teologia cristiana storica).

Giustificazione della matrice
Poichè l'uomo è a immagine di Dio, Dio è simile all'uomo. L'uomo vive in un mondo, quindi Dio vive in un mondo. Ma Dio è anche trascendente, quindi il mondo in cui Dio vive è anche trascendente. Ora, Dio non vive nel mondo come l'uomo: l'uomo cammina sulla terra, Dio è invece innestato nel suo mondo, ed Egli è posto immobile nel suo centro "geografico" (mappa).